在科研方面，齐亚军参与国家科技部、国家自然科学基金委、省科技厅、省卫生厅资助的多项科研项目，以第一作者身份发表学术论文16篇，其中SCI-E论文2篇，中文核心6篇，科技核心8篇；同时，他还取得“实用型艾灸器设计制作”国家发明专利2项，参编《中医风湿病学》和《针灸精华》国家级教材2部，多次在全国风湿病学术年会及中医药免疫学术研讨会上做大会论文交流汇报并荣获“优秀论文奖”。